المعجزة الأولي: يحكي أن فتاة كانت ذاهبة لحضور اجتماع البابا شنودة الثالث يوم الأربعاء في الكاتدرائية، ولكنها لم تكن تعلم مكان الكاتدرائية، فسألت سيدة تسير في الطريق، فأخبرتها أنها هي الأخري ذاهبة لحضور اجتماع قداسة البابا شنودة الثالث، ولكنها أخذتها معها في شقة بحجة احضار شيء نسيته من الشقة، وذهبت الفتاة معها وكان بالشقة العديد من الرجال، وأرادت هذه السيدة بذلك أذيتها، فاستنجدت الفتاة قائلة: «بقي كده يا بابا شنودة.. بقي يبقي في نيتي احضر اجتماعك تقوم تسبني كده» وفجأة ظهر البابا شنودة الثالث أمامها وأخذها واختفيا من الشقة لتجد نفسها واقفة في الكاتدرائية بجوار قاعة اجتماعات البابا شنودة...
المعجزة الثانية: يحكي أن فتاة كانت تقوم بخدمة تفقد أبناء التربية الكنسية في منازلهم، حين أخطأت أحد العناوين وطرقت باب شقة رجل مسلم سني من الإخوان بالخطأ، فما أن علم أنها خادمة مسيحية جذبها من يدها بعنف إلي الداخل، وفوجئت أن معه عددًا من أصدقائه السنيين أيضا، فجذبها إلي حجرة النوم بعنف، فأرادت أن تستنجد بأحد القديسين فأخطأت القول وقالت يا بابا شنودة الحقني، فإذا بجرس الباب يدق، فذهب الرجل ليفتح الباب ففوجئ بالبابا شنودة الثالث يقف أمامه وقال له: روح هات بنتي اللي عندك جوه واوعي تؤذيها، فخاف الرجل وأحضر له الفتاة وخرجا سويا وسط ذهول كل الحاضرين، وما أن نزلا بضع سلالم حتي اختفي قداسة البابا شنودة، ووجدت الفتاة نفسها في الكاتدرائية، وكان يوم الأربعاء، يوم اجتماع البابا شنودة التي اعتادت تلك الخادمة علي المواظبة علي حضوره، فبعد أن حضرت الاجتماع أرسلت للبابا ورقة وسط كل أوراق الأسئلة التي يرسلها بعض الحاضرين في اجتماعاته، قصت فيها ما حدث وتساءلت: هل أنت الذي أتيت وانقذتني؟ وعندما جاء دور تلك الورقة.. قرأ البابا شنودة أول جزئية التي قصت فيها الخادمة ما حدث.. وعندما وصل إلي الجزئية التي تحوي تساؤلها صمت تماما.. ونظر إلي تلك الخادمة وسط جموع الحاضرين وابتسم لها...
المعجزة الثالثة: يحكي أن فتاة خادمة ضلت وكذبت علي أهلها وأخبرتهم أنها ذاهبة إلي خدمة، في حين أنها كانت ذاهبة لتقابل شابا في منزله، فما أن طرقت الباب حتي فوجئت بأن من يفتح لها هو قداسة البابا شنودة الثالث بنفسه، فقال لها: روحي خدمتك يا بنتي.. ومتعمليش كده تاني.. فانصرفت الفتاة ذاهبة إلي خدمتها خجلانة وتائبة ومرعوبة مما كانت مقدمة علي فعله...